Erfaringerne fra kystvaksinspektionerne i 1599 fik kongen til at sætte hårdt mod hårdt i forholdet til Sverige. Rusland og de vesteuropæiske handelsstater, som sejlede på nordområderne. De opbragte engelske handelsskibe førte til stor bitterhed mellem Elizabeth I og Christian IV. Dronningen protesterede og foreslog forhandlinger. Forhandlingerne i Bremen 1602 førte ikke til noget. For eftertiden har dette kildemateriel fra disse forhandlinger fået stor betydning for udviklingen af international søret. Danmarks forhold til England bedrede sig da Stuartkongen James den første overtog tronen i 1603. Han kom fra Skotland og var gift med en ældre søster til Christian. James fik mæglerrollen i konfrontationen mellem Danmark og Sverige i begyndelsen af 1600-tallet. Den dansk-norske søkonges plan om at gøre Bussesundet til et slags Øresund i nord med påbud om pas og told viste sig imidlertid umulig at gennemføre i praksis.
Rivaliseringen om Nordkalotten mellem Sverige og Danmark-Norge kulminerede i den såkaldte Kalmar-krig 1611-1613, som Christian gik sejrrigt ud af. Af de mange udenrigspolitiske engagementer som den ambitiøse monark påtog sig, blev udgangen på nordområdekonflikten hans eneste varige sejr. Som en følge af fredsaftalen i Knærød i januar 1613 måtte svenskerne for altid opgive fremstødet mod havet i nord og den nye svenske konge, Gustav II Adolf, måtte sløjfe "konge over samerne" i sin titel.
Når det gælder forholdet til Rusland, ansatte kongen fjeld fogeder i Finnmarken. Ordningen havde eksisteret tidligere, men blev tidligt på 1600 tallet udbygget og taget mere alvorligt end tidligere. En gang hvert år skulle fjeld fogeden rejse over Nordfjeldet til Malmis (Kola by) for at fremlægge territoriale krav overfor den russiske bjørn. Disse prestensionsrejser foregik helt frem til 1813. lensherren i Finnmarken mellem 1619 og 1651, John Cunningham, forsøgte i 1621 at afskaffe rejsen mellem Vardø og Malmis. Han mente den var nytteløst og ville spare kongen for en stor udgift. Kongen svarede umiddelbart at rejsen til Rusland var vigtig og at Cunningham skulle fortsætte med at sende sin foged østover for at fremlægge hans majestæts krav med hensyn til skat og land.
Både Christian IV og hans far Frederik II mente at hele Kola fra gammel tid af tilhørte deres arverige. Den russiske tsar på sin side hævdede ikke bare Ruslands territorialret til Kolahalvøen, men mente også at Vardø lå på russisk område. Fæstningen burde overleveres til russerne eller rives ned, krævede tsaren og påstod at den rigtige grænse gik ved Tana. Allerede to år efter togtet langs nordøst kysten af Rusland tilbød Christian at købe hele Kolahalvøen for 50.000 daler. Den russiske tsar afslog dog tilbudet. I notaterne fra rejsen i 1599 har en af deltagerne, Jonas Carius, skrevet følgende under opholdet på øen Kildin ved mundingen af Murmandfjorden: "Omtrent to mil fra Kildin ligger på fastlandet byen Malmis ved en stor elv som løber ud i havet lige ved Kildin. Denne by blev i gamle dage kaldt for Kola efter et stort og højt bjerg som skiller Norge fra Rusland. Og denne by Kola som ligger ved foden af bjerget, hørte for ikke så lang tid siden til Norge. Men ved danske og norske befalingsmænds forsømmelse har russerne overtaget området og forandret navnet til Malmis." Dagens grænser mellem Rusland og Norge kan betragtes som et kompromis mellem tsarens krav på Varangerhalvøen og de dansk-norske kongers krav på Kolahalvøen.
